El Presidente Santos manifestó estar en desacuerdo con esta iniciativa del Fiscal General, manifestando que no era el «momento oportuno». Y claramente no lo es, debido a que las FARC podrían interpretar les puede pasar lo mismo en algunas décadas, lo cual dificulta y podría obstaculizar el proceso de negociación actual del Gobierno con el grupo guerrillero.

Al respecto, el mandatario afirmó que «precisamente lo que se negoció con las Farc, respecto a una jurisdicción especial de paz para que los máximos responsables sean sometidos a la justicia transicional, da la seguridad jurídica precisamente para que el día de mañana algún otro fiscal no abra nuevamente la posibilidad de revisar cualquier decisión jurídica».

Las FARC también respondieron a esta noticia afirmando en el twitter del jefe guerrillero Marco León Calarcá  «ese (anuncio del ente investigador) es un exabrupto desde todo punto de vista”.

Así mismo, los ex miembros del M-19 enviaron una comunicación al Presidente solicitando se respete y cumpla el indulto otorgado respecto a la toma del Palacio de Justicia, aclarando que ellos han cumplido con sus compromisos.