Trayectoria profesional
Juan FernandoCristo Bustos fue designado cónsul general de Colombia en Caracas, retirándose en 1993 para respaldar la campaña presidencial de Ernesto Samper y la senatorial de su padre. Tras la victoria electoral de 1994, es designado Consejero de Comunicaciones del Presidente de la República, y un año después Viceministro de Relaciones Exteriores para Europa, Asia y Oceanía.
En 1996 pasa a ser Embajador en Grecia. Hasta entonces no había considerado la posibilidad de postularse a un cargo público, pero en 1997 su padre es asesinado, y decide volver a Colombia para tomar sus banderas políticas, aspirando al Senado de la República en 1998 y obteniendo la curul. Es reelecto como senador en 2002 y 2006; dentro de su partido ha hecho parte de la Dirección Nacional, llegando a ser su presidente en 2005. Desde 2005 fue el Vocero de la Bancada Liberal del Senado de la República, hasta el 18 de junio de 2007, al ser sucedido por Héctor Helí Rojas.
Cargos
Entre los cargos ocupados por Juan Fernando Cristo, se identifican:
| Cargo | Entidad | Fecha Inicio | Fecha Fin |
| Secretario privado | Ministerio de Desarrollo Económico | 1 de julio de 1990 | 30 de noviembre de 1991 |
| Cónsul general en Caracas | Ministerio de Relaciones Exteriores | 1 de junio de 1992 | 5 de noviembre de 1993 |
| Jefe de Comunicaciones | Asociación Colombiana Moderna | 6 de julio de 1993 | 30 de julio de 1994 |
| Consejero para las Comunicaciones | Presidencia de la República | 9 de agosto de 1994 | 9 de octubre de 1995 |
| Viceministro Europa, Asia, África y Oceanía | Ministerio de Relaciones Exteriores | 10 de octubre de 1995 | 13 de septiembre de 1996 |
| Embajador de Colombia ante el Gobierno de Grecia | Ministerio de Relaciones Exteriores | 1 de octubre de 1996 | 1 de octubre de 1997 |
Trayectoria política
Congresista de Colombia
En las elecciones legislativas de Colombia de 1998, Cristo Bustos fue elegido senador de la república de Colombia con un total de 46.174 votos. En las elecciones legislativas de Colombia de 2002, 2006 y 2010, Cristo Bustos fue reelecto senador con un total de 52.805, 47.504 y 42.711 votos respectivamente.
Cristo impulsó un número importante de proyectos como la Ley de Fronteras, la Ley de la Comisión Nacional de Televisión y la Reforma Política de 2003, además, de la propuesta de reforma a la DIAN, que busca trasformarlo en un organismo colegiado e independiente del ejecutivo, el Proyecto de restricción al porte de armas y otras iniciativas encaminadas a beneficiar y defender a todos los nortesantandereanos y colombianos.
Durante la legislatura 2006-2010 el Senador Cristo fue promotor de la Jornada de Solidaridad del Senado de la República con las víctimas de la violencia, así como también ha citado a importantes debates de control político en el Congreso. Durante esta legislatura, su gestión se ha caracterizado por la búsqueda de nuevos mecanismos para la protección de los derechos de los más vulnerables y por la defensa decidida de los recursos de los entes territoriales, siendo parte del Comité Promotor del Referendo por las transferencias, convocado por el liberalismo y por otras importantes fuerzas democráticas y sociales del país.
Iniciativas
El legado legislativo de Juan Fernando Cristo Bustos se identificó por su participación en las siguientes iniciativas desde el congreso:
- Crear el Fondo de Compensación y Equidad Regional (FCER) en Colombia.
- Declara patrimonio histórico y cultural de la Nación al honorable Tribunal Superior del Distrito Judicial de Pamplona, Norte de Santander (Aprobado – primera discusión).
- Desarrollar el derecho constitucional fundamental de igualdad, con el fin de promover las condiciones para que la igualdad sea real y efectiva (Retirado).
- Autorizar la emisión de la estampilla «Norte de Santander Cien Años» con motivo de los cien años de creación del departamento Norte de Santander (Aprobado – primera discusión).
- Expedir la Ley General de Pesca y Acuicultura.
- Construir una política de Estado para las víctimas, sobre la base de la justicia, verdad y reparación (Retirado).
- Desarrollar el artículo 72 de la Constitución Política de Colombia, en lo referente a la readquisición de bienes pertenecientes al patrimonio arqueológico de la Nación (Archivado).
- Expedir el Código de Ética y Disciplinario del Congresista (Aprobado en segundo debate).
- Expedir un nuevo Código Penitenciario y Carcelario, para unificar la legislación existente y adecuarlo a la jurisprudencia constitucional (Aprobado en primer debate).
- Decretar las bases jurídicas y el cuadro normativo para la organización y funcionamiento del Sistema Nacional de Inteligencia (Aprobado en segundo debate).
Cargos públicos
Entre los cargos públicos ocupados por Juan Fernando Cristo Bustos, se identifican:
| Cargo público | Partido político | Fecha Inicio | Fecha Fin |
| Senador de la República | Partido Liberal | 20 de julio de 2006 | 20 de julio de 2014 |
| Vocero de la Bancada | Partido Liberal | 20 de julio de 2006 | 20 de julio de 2007 |
| Presidente Dirección Nacional | Partido Liberal | 16 de diciembre de 2004 | 11 de junio de 2004 |
| Codirector Nacional | Partido Liberal | 1 de mayo de 2003 | 1 de mayo de 2005 |
| Senador de la República | Partido Liberal | 20 de julio de 2002 | 20 de julio de 2006 |
| Presidente Comisión Sexta | Partido Liberal | 20 de julio de 2000 | 20 de julio de 2001 |
| Senador de la República | Partido Liberal | 20 de julio de 1998 | 20 de julio de 2002 |
Ministro del Interior
En el año 2014 tras la reelección del presidente Juan Manuel Santos, Cristo Bustos fue nombrado como Ministro del Interior.
En abril de 2016, la Universidad del Rosario diseñó un Debate sobre el Estado de la Nación Archivado el 22 de abril de 2016 en Wayback Machine., con el propósito de que los ministros de la nación rindieran cuentas ante la ciudadanía desde cada uno de los sectores, Juan Fernando Cristo, Ministro de Interior de Colombia participó en el encuentro, donde presentó su posición frente a los diálogos de paz al expresar que quiere que las FARC «se transformen como partido y luchen en la plaza pública sin los fusiles»
El 3 de julio de 2024, el presidente Gustavo Petro lo posesiona a cargo del ministerio del interior.En reemplazo del ministro saliente Luis Fernando Velasco.15
